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原者伊丽莎白.格林。亚历克斯将抗体注入伊丽莎白，却被伊丽莎白排出体外，并形成r之王（r），而亚历克斯并不知道。亚历克斯成功救出达娜，但她陷入昏迷。亚历克斯把达娜交给拉格伦医生保护。这时一名身分不明的神秘人向亚历克斯透露黑光计划病毒的起源与释放病毒的人其实是他，并告诉他伊丽莎白未死。同时，军方从空中散布病毒抗体x，并引入使用病毒技术制作而成的超级士兵。军方进一步在地面部属x散布装置。出于自保，亚历克斯企图颠覆x的散布行动。而这时亚历克斯从神秘人处得知军方打算利用特殊泵将x打至地底，消灭躲藏的感染体。神秘人要求亚历克斯伪装成士兵进行护送利用这东西引出伊丽莎白。特殊泵就位，并开始工作，大量的r与hydra感染体从地底涌出。躲藏在地底下的伊丽莎白.格林被逼现身，被亚历克斯击杀并吞噬。
伊丽莎白.格林已被消灭，亚历克斯再次企图摧毁x的生产设施，佯装失手后与k主席雷蒙德.麦克穆兰对质。麦克穆兰为了不让亚历克斯夺取记忆，举枪自尽。亚历克斯的匿名连络人身分揭晓，他是黑色守望组织的队长－罗伯特.荷斯。军方开始撤离纽约市，并打算在市区引爆核弹以消灭病毒。亚历克斯开始追踪地面部队的领袖。亚历克斯将抗命逃亡的士官伊恩.塔格特（ian taggart）吞噬掉。亚历克斯变化为塔格特的外观，与罗伯特.荷斯两人成功登上哈德逊港外的uss reagan航母。亚历克斯吸收了主导者彼得.兰德尔（peter randall）将军。由于军队领袖与感染核心伊丽莎白.格林都被消灭，扮成罗伯特.荷斯的r之王现出真面目，企图吞噬亚历克斯，成为唯一的最高级病毒集合体。消灭r之王后，亚历克斯将引爆倒数中的核弹用直升机载离纽约，沉入水底。核爆的威力将他炸飞，尸身的碎肉落在曼哈顿岛上，这时一只鸟类动物想吃掉这碎肉，却不料被附身并吞噬，亚历克斯二度复活，至此游戏完结。
可能是因为虐杀原型这一款游戏的成功，导致游戏开发商延续了虐杀原型1的暴力厮杀场景，然后有了姊妹产物虐杀原型2，只不过这些都不是轩辕擎天担心的。
轩辕擎天所希望得到的是亚历克斯.默瑟（r）进化能力，这种能力在轩辕擎天看来简直就是惊天为人，强的离谱，无论是高空中浮力飞行，还是吞噬变身，又或者是将自己直接塑造成杀人机器，直接与*之间的碰撞，简直就是轩辕擎天的最爱，实际上有了现在实力的他，确实是更加向往直接打击，肉与肉的接触，刀刀入体感觉肯定很不错。 游戏当中还有很多很多的支线任务，在地图上会用不同的图表标出。
移动：在限制的时间里控制主角到达每一个指定地点。
滑翔：利用主角的滑翔技能滑翔到制定的地点，离中圈越近越好。
杀戮：利用任务点配备的各种武器并在限定时间内消灭敌对的生物。
战争：此任务多数是对立的双方在战斗时玩家加入其中一方，有可能是被感染生物，也有可能是军队一方，在这个过程中变身或杀伤友军是不会被友军一方攻击的。胜利条件是在最少的时间内完全消灭敌军。
军队：吞噬指定的军人来增加自己的细胞记忆。
被感染生物：此任务多数是去炸毁被感染生物的巢穴。这一系列都跟轩辕擎天获得初步能力之后，向着更加深一层次进化有着至关重要的作用。
轩辕擎天嘴角有些微微翘起，显然，相比较于武侠副本，轩辕擎天已经经历的够多的了，时不时的换一换口味肯定是很不错。