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此，没逃走的官吏很多都被杀死。黄巢还下令把留在长安的唐朝宗室全部杀光，目的是为了断绝李家的皇室血脉。
农民起义军的弱点在这个时候也都暴露出来，他们急于称帝封官享受。880年十二月十二日，黄巢进入皇宫居住，十三日在长安含元殿称皇帝，国号“大齐”，大赦天下。由于没有乐器，尚让用几百个战鼓替代乐器，奏响登基大典的国乐。
此时的黄巢可以用一首诗来表达复杂的心情：
昔日龌龊不足夸，今朝放荡思无涯
春风得意马蹄疾，一日看尽长安花。
长安自古就是风水宝地，皇帝辈出。黄巢今日高管得做、骏马得骑，真可谓：
意气风发不可言，人生谁能如这般！
山东黄巢无人敌，今不登基待何年？
战争的艰辛暂且翻篇了，如今的头等大事是登基坐朝，面南背北，接受群臣朝贺。
黄巢封其妻为皇后，封尚让为太尉兼中书令，赵璋兼侍中，崔璆、杨希古都为同平章事，孟楷为左仆射兼左军事，盖洪为右仆射兼右军事，费传古为枢密使。
黄巢还任命唐朝的太常博士、诗人皮日休为翰林学士，进士沈云翔、原蕲州刺史裴渥都为翰林学士。
朱温、张言、彭攒、季逵等人被封为诸卫大将军。黄巢的外甥林言为功臣军使。
其余各将官各有封赏，军士们摆酒庆贺，长安城张灯结彩，欢呼与朝贺之声直冲云天。优哉优哉的日子似乎不远啦!
黄巢任命的高级官员有唐朝的原官员，包括崔璆、皮日休等。崔璆担任过浙东观察使，与黄巢作战时战败被俘。他的父亲是礼部侍郎崔郾，此人曾担任过浙西观察使。崔璆因为做了黄巢政权的宰相级高官，后来当唐僖宗返回长安后，下诏指责崔璆出身显赫，却在黄巢手下做宰相，而崔璆既不逃走也不隐藏，最终被唐僖宗赐死在家中，当然这是后话。
而皮日休也比较特殊，他是唐末的文学家、诗人，中过进士，担任过太常博士，后又出京担任毗陵副使，在常州一带任职。黄巢率军打到江浙地区后，皮日休因不满朝政而归顺农民军。黄巢称帝后重用他为翰林学士，让他撰写一首赞扬自己是上天授意的诗词，皮日休写了一首诗谜，但黄巢认为这个诗谜是讽刺自己，就下令杀了皮日休。
黄巢要求停止唐朝三品以上官员的职务，但四品以下可以官员保留官位。称帝几天后，他又下令，凡是唐朝的官吏到赵璋府中报名登记的，都继续担任原来的官职，这其实是收买人心，减少矛盾。但实际上，一些真正的唐朝高官都不愿意到赵璋府中报名，而是隐藏起来。
当时，唐朝的夏州节度使诸葛爽奉命到达长安附近的栎阳保护朝廷，但他到达时长安已陷落。朱温正驻守在东渭桥，黄巢让他招降诸葛爽，诸葛爽其实是个小人，他见风使舵，立即答应朱温，归降农民军。
黄巢任命诸葛爽为河阳节度使，当诸葛爽到河阳上任时，此时的河阳节度使罗元杲不愿意归顺农民军，他调集军队抗拒。但罗元杲是依附巴结宦官才得来的官职，部下军士都不听从他的指挥，抛弃兵器迎接诸葛爽，罗元杲只好逃往汉中，投奔唐僖宗。罗元杲把自己的金帛都埋藏在地下，后来被盗贼抢走。
（渭河贯穿于八百里秦川，唐代横跨渭水至少有三座桥：西渭桥（便桥）、东渭桥、中渭桥，合称“渭河三桥”。汉唐时的长安位于渭河的南部，东渭桥遗址位于陕西高陵，东渭桥是连接渭河南北的桥梁，是通往长安城的咽喉，在战略上具有重要地位。）
为了拉拢唐朝的武将，黄巢对他们都赦免，西北地区的唐朝节度使在名义上纷纷投降，起义军的声望达到鼎盛。
至此，经过六年来的南征北伐，黄巢义军终于把唐王朝赶出长安城，建立起农民政权。