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在现实生活中，主角阿浩名叫沈浩，是个17岁的高中青年，从小是个神奇宝贝迷，口袋妖怪游戏更是不知玩了多少遍，充满正义感，爱打抱不平，所以从小跟叔叔学习空手道，父母常年在外，每个月定期打钱他，14岁那年叔叔被美国聘请为空手道教练，又只又他一个人。这天在下大雨，他代表市里参加全省的空手道大赛，决赛时因为裁判不公，他屈居亚军，见市里多次交涉无效，他毅然解下腰带，大步跑出比赛中心，跑了很远，突然一声巨响，没错，他被打中了，奇迹的是他没死，但全身漆黑，还没等他反应过来，又连着几下，他终于晕了过去......
“人类，醒醒，醒醒。”他慢慢睁开眼睛，“你是你是你是未知图腾。”没错在他面前的正是未知图腾，一个人形的未知图腾。“我为什么会在这里呀。”它很惊讶居然有人认识它。它说：“事情是这样的，我刚才在练习打雷绝招，没想到威力太大，打穿了我这个空间，打中了你，你居然没死，我不服气，便又打了几下，你终于晕过去了......”没等它说完，阿浩就说，“你有没有人性呀？一下不够，你还打几下？”“我又不是故意的，再说了谁让你像小强一样，打不死。算了，对不起，我错了。对了，我叫小未未，你叫什么？”阿浩顿时要吐了。
想了想“沈”这个姓在神奇宝贝那个世界并不好，突然灵光一闪，说“我叫圣光浩，你可以叫我阿浩。不过，既然你打害了我，那你就要赔偿我。”“你要我怎么赔偿你？对了，我可以满足你三个愿望。”阿浩窃喜，说到，“第一：我想去你那个世界冒险一下。第二：你要送我一只很厉害的神奇宝贝。这第三嘛，我以后想到了再找你要。”这第三个嘛，当然是用来回家的。
它点点头，“这个没问题，我可以送你一只实力变态的哈克龙，在那颗‘gs’球里，第三个以后在告诉我。那我这就把你送过去。”忽然阿浩又想到，应该怎么打开这个球，要知道这个球更变态。它又说，“你就说‘我爱小未未，我圣光浩以你的主人之名命令你，苏醒吧’，球就会开了。”阿浩有吐它一身的冲动。这时‘小未未’浑身冒起电光，这正是百万伏特......“你...你又要......我（恨你）......”没等它说完，阿浩便又晕了过去。“我知道你想说‘我爱你’。”然后笑了起来，“人类可不要辜负我期望呀”......
“醒醒，醒醒。”又是这句一样的话。阿浩睁开眼睛，发现他正是大木博士，他欣喜若狂，一下抱住了大木博士。大木博士很惊讶，这个帅气的小孩，竟然抱住了他。这时阿浩一想到未知图腾的做法，忍不住在心里咒骂它。“小伙子你怎么在这呀，你的亲人呢？”可没等阿浩说完，因为体力透支，又晕过去了。转身又对小茂说，“小茂，他又晕过去了，我们把他背回去吧。”说着小茂便把阿浩背回了家......
一天过去了，小茂给阿浩喂了点食物，阿浩睡了会，便醒了。“你是，小茂？对，你就是小茂。这是哪呀。”“这是大木博士研究所，也就是我家。你好我是大木茂，你是”阿浩安心了，说，“我是圣光浩，你可以叫我阿浩。”小茂点点头，“你为什么会在那，你的家在哪？”这时大木博士进来了。“我来自一个很远的地方，三天前和爸妈一起旅游，在海上时遇到了风暴，船翻了，我被风刮到了这里，而爸妈他们......”说到这里，阿浩哽咽了。
大木博士连说，“不用难过，我和小茂以后就是你的亲人。对了你几岁了。”阿浩这样做只是让自己有个身份罢了。“我今年17岁。”“恩，这正好，小茂还有三个月就15岁了，到时候，你俩可以一起旅行，好有个照应，我也会放心很多......”
在这三个月里，阿浩和这祖孙俩培养了深厚的感情，而且阿浩也被整个镇子的人认识了，大家都很同情他，于是为他建了间两层小楼，阿浩格外感激。在这三个月里，阿浩也得到了他的初始神奇宝贝，他选了妙蛙种子，因为阿浩觉得妙蛙种子很温和，阿浩很喜欢。每天阿浩都锻炼身体，继续练他的空手道，他让花子阿姨为他量身打造了一个套装，两套衣服、两双手套以及两双特殊材质的鞋子（可刀枪不入），当然还有个背包。还有就是神奇宝贝对战，训练家和野生神奇宝贝都有。这样妙蛙种子学会了很多绝招：能量球、种子机关枪、结草、飞叶风暴、魔法叶以及草系大技阳光烈焰。
而这一切大木博士都看在眼里，见阿浩这么努力，又送了阿浩一枚来自神奥的神奇宝贝蛋，粉色带有一点蓝色的蛋，并说，“还有三天你们就要走了，你还有什么我可以帮你做的吗？”阿浩很感动，但也没有拒绝，“我想了解更多的神奇宝贝，所以您能把我的神奇宝贝图鉴升级为全国的吗。”大木博士摸摸头，说，“成都、芳缘和神奥地区的倒好办，只是合众的要找红豆杉博士帮忙......对了，我明天正好要把关东地区的初始神奇宝贝传给红豆杉博士研究，我和你就亲自去一趟，顺便把你的图鉴让红豆杉博士升级一下。”
阿浩暗自窃喜，这样他就可以收服几只合众地区的神奇宝贝。第二天阿浩变和大木博士乘上了去市的飞机。一下飞机阿浩便看到了很多在这几个月不曾看到的神奇宝贝，阿浩要求走着去红豆杉博士的研究所，说是要收服几只神奇宝贝，反正也不远大木博士便答应了。